Après avoir exercé dans plusieurs agences d’architecture et d'urbanisme, notamment chez Philippe Panerai, elle a rejoint la fonction publique, occupant plusieurs postes de responsabilité à la direction régionale et interdépartementale de l’équipement et de l’aménagement d’Île-de-France où elle a été directrice de l’unité départementale de Seine-Saint-Denis. Entre 2009 et 2013, Hélène Fernandez a été conseillère du maire de Paris, Bertrand Delanoë, en charge de Paris Métropole et des coopérations territoriales.

Entre 2014 et 2018, elle a exercé les fonctions de sous-directrice de l’architecture, de la qualité de la construction et du cadre de vie au ministère de la Culture.

À ce poste elle a entre autres porté l’élaboration de l’Observatoire de l’économie de l’architecture ainsi que le programme « Engagés pour le Logement de demain ».

Depuis 2018, elle était chargée de l’égalité entre les femmes et les hommes et de la lutte contre les discriminations au sein des Ministères de la Transition écologique et de la Cohésion des territoires. Désormais à la tête de la direction de l’architecture, elle succède à Aurélie Cousi après plusieurs mois de vacance du poste. Ses missions intègrent la poursuite des politiques de valorisation de la qualité architecturale sur l’ensemble du territoire mais aussi et surtout l’exercice de la tutelle sur les vingt écoles nationales supérieures d’architecture. Bloquées et en grève depuis bientôt deux mois, de nombreuses ENSA sont en grande difficulté financière. Il appartiendra à Hélène Fernandez de fixer la stratégie vers une sortie de crise.

Trouver le budget nécessaire à l’application de la réforme de 2018 sera sans doute pour elle l’objectif le plus difficile à tenir, si tant est que le ministère en ait la volonté.